Les installations de la Fondation et sa galerie souterraine avaient vieilli, des travaux d’assainissement s’imposaient. Sous l’impulsion de son président d’alors, le professeur Charles Méla, du directeur, le professeur Martin Bircher, et de Mme Elisabeth Macheret, le Conseil de Fondation décida, avec le soutien du représentant de la famille au sein du Conseil, l’ambassadeur Gaspard Bodmer, de faire construire un nouveau musée à la hauteur des enjeux de la collection. Il fallait un geste architectural fort, le projet fut confié à Mario Botta. L’entrée de M. Metin Arditi au Conseil de Fondation fut déterminante pour l’exécution du projet. Il fit attribuer la direction du chantier à M. Gabriele Rossi, du Bureau Archilab et il présida la commission de construction qui assurait le suivi des opérations. Les délais furent respectés, ainsi que l’enveloppe budgétaire. Les travaux commencèrent à l’été 2000, le musée fut inauguré le 21 novembre 2003.

L’architecte avait construit des églises, comme à Mogno, des lieux de ferveur où la lumière se jouait des espaces et des ombres. Il disait « son refus de léguer aux générations futures un monde plus pauvre que celui que nous avons reçu ». En humaniste, il entra en profonde sympathie avec la collection qu’il découvrit: « Vous détenez, disait-il, le patrimoine de l’humanité ». L’idée de construire un temple des écrits universels le séduisait. « Dans une ville contemporaine, avait-il déclaré, le musée s’élève au statut d’une cathédrale nouvelle, à celui de lieu de mémoire et de relations avec les autres époques à travers les œuvres d’art présentées », ajoutant : « Plus je vieillis et plus je comprends que le territoire sur lequel doit travailler l’architecte est celui de la mémoire. »